使い分けの件ですが……
多分法則性はありません。適当です。
甲乙…の区分けの場合は、基本的に東京都公報に載りますが、折返の場合は載りません。以前から、途中で折り返す場合や、甲乙を名乗らないが少し枝線にはみ出て終点となるような路線はありましたが、旅客案内上で「折返」という言葉を使うようになったのはここ10年のことだと思います。それと童子に甲乙…という単語を使わなくなってきた気がします。
ただ、[王49折]のように、明らかに折り返しでないのに折り返しと名乗るようなのもいて、かえって分かりにくいような気がします。以前であれば[王49甲][王49乙]と名乗るところでしょう。甲乙を名乗らないのであれば、国際興業等の枝番表記のほうがまだマシな気がします。
[東42甲][東42乙]の場合は、収支グループもしくは運用がひとまとまりのため、同じ系統群に入れていたのだと思います。かつての[平23乙][錦28乙]とかも同じ意味合いかと。いま、[上23][平28]に改番したことを考えると、[東42乙]も[草42]か[秋42]としてもいいと思います。
もっとも、[王30][王31]のように、収支・運用は同一だが番号が分かれている例もあるので、系統番号を定めたときから、この辺りは結構いい加減な気がします。