系統番号に対する私の印象は、管理人氏とほぼ同じです。
発着駅名から漢字を引用するという東京都の系統番号設定は優れていると思います。
バスは地域密着型の交通機関ですから、まず地域住民である日本人向けの表記を使うという意味で、漢字を表示することは重要だと考えます。
初めて利用する人にもその漢字から、目的地と発着駅の関係をイメージしやすいという利点は大きいと思います。
番号についても、同一駅発着で同じ数字を極力使わないという方法を取っていることから、「漢字+数字」表示とすることで、漢字を理解できない外国人にも識別ができるでしょう。
まんごろうさんの言う「利用者の会話では、漢字を省略して数字のみで話していることが非常に多い」というのも同一駅発着で同じ数字の系統が無いからこそ数字だけで会話が成り立つのであり、仮に同一駅で漢字は違うが数字が同じというような系統があったなら、そうはいかないでしょう。
方面別の番号割り当ても、設定当時に比べ地域ごとの路線数などが大きく変化したことから、再び抜本的な見直しをすること自体は悪くない考えであると思いますが、見直し方法は、管理人氏の言う柔軟な方法が最も利用者に混乱を与えない方法であると思います。
ここ20年ほどの都バスの系統番号付与方式を見ると、路線の変遷など過去の経緯を尊重しながらも、新規路線には法則を外れた数字を使うなど、管理人氏の案に近い柔軟な番号付与を行っているといえます。これは極めて妥当な方法であると思います。
番号の法則については、番号で方面の別を認識している利用者は皆無でしょうから、個人的には偏りの多い数字は、方面の枠を越えて利用し合うことで分かりやすい番号付与を行うべきと考えます。例えば、東部地区に80〜90番台、西部地区に20〜30番台があっても良いでしょう。
名古屋市営バスには系統番号が「緑区」となっていて数字が無い系統がありますが、万人に分かりやすい系統番号とは言いにくいと思います。
また、都バスには「C.H01」「A.L01」というアルファベットを用いた系統番号がありますが、仮に現在ある都内すべてのバス路線でアルファベットを用いた系統番号を設定しようとした場合、そのPRに大変な労力が必要で、周知されるまでの期間もかなり長期間にわたることが容易に考えられ、実現は難しいでしょう。
取りとめの無い文章になってしまいましたが、現行の方式を踏襲し数字の割当を柔軟に行うのが最も理想的で、簡単だと思います。