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番号だけで呼称する人が多いのは確かのようですが、呼称することと、識別して利用すること、は別です。行き先方向幕大型化が進んだ現在、実際、誤乗は頻繁に起きているのでしょうか。
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漢字が使用されていること(しかも簡潔に漢字1文字が原則)により、特定のターミナルとの関連付けが容易にできます。もちろん万全ではありませんが、数字のみの場合に比べ、分類する手がかりが多く、しかも最小限であることから、漢字+数字は優れているといえます。
また、表意文字である漢字は、1文字だけでも一定の情報を伝達することが可能です。仮にアルファベット+数字という案があったとしても、表音文字であるアルファベットよりも情報量が多い漢字のほうが優れているといえるでしょう。
すでに触れられていますが、AL01やFL01などのCH、FLなどというアルファベットが何を意味しているか理解に苦しむ方が多いでしょう。
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数字のみの系統番号である横浜市営は、同一番号でありながら、起終点パターンが多すぎ、枝系統も複雑です。系統番号が系統を特定するという意義をもつ、という考え方にたつならば、横浜市営の系統番号は、その意義から外れているものが多いといえるでしょう。また、営業地域が広域にわたる中で、系統番号を言われただけではどの地域を走っているかすらまったくわかりません。少なくとも、ターミナル駅の漢字を1文字付するだけで、「ある程度」地域と関連付けることが可能だという点において(常時全系統に該当するものではないにしても)、漢字を用いるのは優れた策であるといえます。
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日本語以外の母国語の方にとっては、必要な路線について数字で一定程度まで絞込みは可能で、それに加えて行き先表示に付された英文表記を活用することが可能です。