こんにちは。
一応、定義を以下のようにします。(道ちゃんさんのと同様と思います)
初代:昭和32年度〜昭和47年度
2代:昭和49年度〜平成5年度
3代:平成6年度〜
ということで、ざっと探してみました。分駐所扱いで営業所記号が変わった車についてはまじめに探してないのでもう少しあるかもしれません。あと初代のP代以前は探していません。
2代目・3代目はH〜N代あたりの番号の進み方が似ているため、重複が起こりやすくなっています。大量導入のあったX代前後も同様。
★初期配置の時点で重複
2代・3代 B-L700〜706
2代・3代 B-M210〜213
→両方とも新製配属が渋谷。2代は初期グリーンシャトル車で200番台が専用に割り当てられていた。
初代・2代 E-X416〜423
初代・2代 F-X550〜558
2代・3代 H-H163〜170
初代・2代 H-X474〜476
初代・2代 L-V578〜582
→初代のV578〜580は葛西開設時に葛西に転属したために江東名義のときは短かった。
初代・2代 R-T478〜487
→これだけの範囲で完全重複というのは珍しいんでないかと思います。
2代・3代 S-A582〜584
→2代目A代は少数ながら狙ったようにダブり。3代目はリフト車。
2代・3代 V-L688〜698
→R-Tに同じ。11台重複と最長連続。今の営業所名は異なるが…
2代・3代 V-M164〜170
→V-Lに引き続いて重複。
★転属によるもの
初代・2代 A-X487〜492
→初代は初め杉並、後に品川に転属した。2代はずっと品川。
2代・3代 B-H178
→2代は初め青戸。渋谷に転属したために同一局番誕生。
2代・3代 D-L674・675
→3代目のHRは元小滝橋。杉並に転属したため重複。
2代・3代 E-H224
→3代目のHRは元大塚。
初代・2代 P-X570
→初代のX570は末期に巣鴨に転属したために重複。
初代・2代 R-X411
→2代目は大江戸線改編に伴う新宿からの転属車。
2代・3代 S-N386
→2代目は末期に葛西から転属した日野車。
初代・2代 S-X404
→初代は末期のごくわずかな期間だけ江戸川から転属していた。