南千住に限らないのですが、構造の特殊な車や使い勝手が他と違うような車は稼働率がよろしくない傾向があるようです。
自分は週末よく車両運用をチェックしているのですが、営業所別でだいたい以下のような傾向が見られるようです。
品川・・・唯一のHUノンステであるA-F462は稼働率が低め。ただし、最近は平日はよく使われている模様。
中型車は以下の系統でほぼ固定。
B847、848 反90(たまに黒77)
E805〜808、879、880、886、887 黒77(たまに反90)
E800〜804、891、893 市01(専用。したがって日曜休日は市場開場日を除きお休み)
渋谷・・・F代以前の古参車グループと日野HRは平日中心の運用。ただし、C174とE・F代のノンステは週末でも稼動することがしばしば。
新宿・・・ツーステップ車のC209〜211は運用が限定され、土曜日は1運用、日曜・休日は運用なし(代走で出てくることはある)。
杉並・・・ツーステップ車(D、E代のらくらくステップ車を含む)は渋66に入ることはほとんどない(京王バスと足並みをそろえるため、原則ノンステダイヤ)。
小滝橋・・・中型車のE873〜876は高71にほぼ専属。ただし、今年の夏休み期間中には早81で使われていたのを確認。
練馬・・・ノンステは車両別に使用系統がだいたい固定されている。基本的には以下のとおり。
白61 H185〜188、K500〜502、L746、M129、N309、318、407〜412、P448
池65 H304、305、L743〜745、747、M130、N310、413
新江62 H306、K628、629
大塚・・・唯一のHRであるL782は都02乙にほぼ固定。
千住・・・C771が他車と比べると稼働率が低め。ただし、週末でも結構稼動している。また、D221と222は基本的に草43に、中型車は草41に固定。
南千住・・・なかのはしさんが書かれているとおり、MBECS初期タイプのA488は最近運用が激減。また、南千40用として残っていたE892も、同系統消滅後はほとんど運用に入っていない模様(ごくまれに東42乙に出てくる)。リフト車のB746〜748も東42乙にほぼ固定。
江東・・・車種別にだいたい使われる系統が決まっているが、所管系統が多いせいか、しばしば運用変更が見られる。
北・・・JPは運用が限られ、王40丙(宮城循環)か王46が多い。H300〜302は週末は基本的にお休みだが、週末でも王46に使われるH303の代走をこなす場合がある。
巣鴨・・・らくらくステップ試作車のA531〜A533は以前ほとんど使用されていなかったが、最近は他の一般車と共通で使われている。大塚から転属のHR(H234〜236)は学01、07に引き続き使われていることが多い。
臨海・・・車種によって使用系統がだいたい決まっている。大まかには以下のとおり(ただし、他の系統に入る場合あり)。
UDのCNG一般車(B623〜625) 平23
キュービックノンステ(D202、E412〜414) 門21
キュービックCNGノンステ(F441、443、444) 門21か平23
三菱中型車(D869) 錦11
日野中型車(E877、878) 船28
UDCNG中型ノンステ(G894〜896) 葛西22本線
三菱のCNGノンステ(K681〜687、L115、116、P536、537) 秋26、両28、草24
エルガ一般車(H150、151) 両28
日野HR(K582、583) 両28
なお、いすゞのCNGとUDのJPノンステは特に使用系統の限定はない。
深川・・・UDのCNG車(A475、A476、B614〜618)は豊洲01、波01、テレポート口の貸切輸送(タイム24等)に限定。
早稲田・・・非ノンステの一般車(B629、630、C198、222〜224)は基本的に池86。ただし、運用変更等で早77や上58にも出る場合がある(早77は平日に一般車運用あり)。
江戸川・・・古参車やHIMRは江戸川競艇開催時には競艇運用に。元西葛01用のE888〜890はたまに新小29、30に運用されている。イトーヨーカドー貸切輸送は古参車が代々使われていることが多かったが、最近はK、L代(まれにM代以降)のエルガノンステが使われている。
港南・・・中型車(E881〜885)は平日の田99か井96。HRは車両数の割に土休日の運用は少ない(井96、田99が多いが、品93や虹01でも運用される)。
青戸・・・中型車(D870〜872)は墨38が多い。以前は平23でもよく見かけたが最近は少ない。
こんなところでしょうか。なお、青梅については特に配車上の特徴は見られないようです。
長文にて失礼いたしました。