営業所の変化
| 日付 | 概要 |
| H12.12.12 | 目黒営業所を品川営業所目黒支所に格下げ |
| 目黒営業所港南分駐所を品川営業所配下に変更 | |
| 新宿営業所を渋谷営業所新宿支所に格下げ | |
| 杉並営業所を早稲田営業所杉並支所に格下げ | |
| 杉並営業所青梅支所を早稲田営業所配下に変更 | |
系統の変化
| 系統 | 日付 | 営業所 | 概要 | |
| H12. 3. 1 | 銀座01 | 深川 | 廃止 | 東京駅八重洲口～銀座八丁目循環・晴海埠頭を廃止 |
| H12. 4. 1 | 虹02 | 品川・目黒 | 開通 | 品川駅東口～東京テレポート駅が開通 |
| 東16 | 深川 | 延長 | 東京ビッグサイト～東京テレポート駅を延長 | |
| 四92折返 | 品川 | 開設 | 品川車庫～(第一京浜)～品川駅～四谷駅を開設 | |
| H12. 10. 1 | 二階02 | 臨海 | 廃止 | 小岩駅～葛西臨海公園を廃止 |
| H12.12.12 | 急行01 | 渋谷 | 開通 | 渋谷駅～(急行)～新橋駅が開通 |
| 急行02 | 大塚 | 開通 | 大塚駅～(急行)～春日駅が開通 | |
| 急行03 | 北 | 開通 | 池袋駅東口～(急行)～豊島五丁目団地が開通 | |
| 急行04 | 臨海 | 開通 | 新小岩駅～(急行)～西葛西駅が開通 | |
| 直行01 | 品川 | 開通 | 大井町駅東口～(直行)～八潮パークタウンが開通 | |
| FL01 | 臨海 | 開通 | 錦糸町駅～(急行)～船堀駅～葛西駅が開通 | |
| AL02 | 深川 | 開通 | 豊洲駅～豊洲一丁目循環が開通 | |
| 黒10 | 目黒 | 廃止 | 目黒駅～東京駅南口を廃止 | |
| 東17 | 深川 | 廃止 | 潮見駅～東京駅八重洲口を廃止 | |
| 水59 | 巣鴨 | 廃止 | 巣鴨駅～一ツ橋を廃止 | |
| 田70 | 新宿 | 廃止 | 港区スポーツセンター～三の橋／赤羽橋～新宿駅西口を廃止 | |
| 秋76 | 新宿 | 廃止 | 新宿車庫～秋葉原駅東口、飯田橋終点を廃止※1 | |
| 四80 | 新宿 | 廃止 | 四谷駅～赤坂アークヒルズを廃止 | |
| 茶81 | 渋谷 | 廃止 | 渋谷駅～順天堂病院を廃止 | |
| 都03 | 深川 | 短縮 | 杉並→深川に移管、新宿駅西口～四谷駅を短縮 | |
| 両28 | 葛西 | 短縮 | 葛西橋・葛西車庫～両国駅に短縮、系統番号を草28→両28とする | |
| 茶51 | 巣鴨 | 短縮 | 東京駅北口～御茶ノ水駅と王子駅～駒込駅南口を短縮、御茶ノ水駅～駒込駅南口とする | |
| 橋86 | 目黒 | 短縮 | 新橋駅～日本橋三越を短縮 | |
| 渋88 | 渋谷 | 短縮 | 麻布台～東京タワー、新橋駅北口～東京駅南口を短縮、渋谷駅～新橋駅北口とする | |
| 四92 | 品川 | 廃止 | 品川車庫～赤羽橋～四谷見附を廃止 | |
| 反96 | 品川 | 変更 | 一ノ橋～溜池を短縮、五反田駅～三田五丁目～赤羽橋～品川駅～五反田駅に変更 | |
| 反90甲 | 品川 | 変更 | 五反田駅～品川駅を反90甲→反96折返に変更 | |
| 反96折返 | 品川 | 変更 | 品川駅～御殿山ヒルズを反90甲折返→反96折返に変更 | |
| 反90 | 品川 | 変更 | 五反田駅～三田駅を反90乙→反90に変更 | |
| 門19 | 深川 | 変更 | 深川車庫～門前仲町を枝川経由から豊洲一丁目経由に経路変更 | |
| 従来の枝川経由も早朝深夜のみ運転（甲）、他は全て豊洲一丁目経由（乙）。 | ||||
| 浜95 | 品川 | 変更 | 御成門→東京タワーを御成門小学校から神谷町駅経由に変更 | |
| 品97 | 新宿・品川 | 変更 | 品川車庫～四谷三丁目～新宿駅西口に変更延長(休日は歌舞伎町経由に迂回) | |
| 系統番号を四97→品97に変更、品川→新宿・品川の共管に変更 | ||||
| 急行05 | 深川 | 延長 | 新木場駅～東京テレポート駅を延長、延長区間を急行運転（土曜休日のみ運転） | |
| 系統番号を夢01→急行05に変更 | ||||
| 都05 | 深川 | 移管 | 杉並・深川→深川に移管 | |
| 亀21 | 江東 | 移管 | 深川→江東に移管 | |
| 東22乙 | 江東 | 移管 | 巣鴨→江東に移管 | |
| 深夜中距離 | 杉並 | 廃止 | 銀座～三鷹駅北口を廃止撤退（関東バスが引き続き運行） | |
| H12.12.15 | 船31 | 臨海 | 廃止 | 小岩駅～船堀駅を廃止 |
| H12.12.24 | 平23 | 葛西 | 変更 | 小松川三丁目→小松川区民館を新道経由に変更 |
| 平井駅→小松川三丁目を小松川区民館経由に変更し、往復で経路統一 | ||||
| H12.12.23 | 錦28乙 | 葛西 | 変更 | 小松川三丁目→平井駅を新道経由に変更 |
| H12.12 | 宿74急行 | 新宿 | 廃止 | 新宿駅西口～統計局を廃止 |
停留所の変化
| 概要 | 系統 | 日付 | |
| ホテル日航東京前 | 廃止 | 速01 | H12. 4. 1 |
| 有楽町マリオン | 新設 | 速01 | |
| 清掃局庁舎→環境局中防合同庁舎 | 変更 | 海03 | |
| 大島第三小学校前→大島七丁目 | 変更 | 亀24 | |
| 城南中学校前→六本木中学校前 | 変更 | 田70 | |
| 防衛庁前→六本木七丁目 | 変更 | 田70 | H12. 6. 1 |
| 市ヶ谷自衛隊前→防衛庁前 | 変更 | 高71 | |
| 東京港湾合同庁舎前→港南四丁目 | 変更 | 品99 | H12. 9. 1 |
| 東京税関前→東京部分肉センター入口 | 変更 | 品99 | |
| 東京港湾合同庁舎前（船の科学館～テレコムセンター駅間） | 新設 | 虹01･海01･海01乙･虹02･海03 | |
| 芝公園・港区役所前・西新橋三丁目 | 廃止 | 黒10 | H12.12.12 |
| 佃大橋・枝川三丁目 | 廃止 | 東17 | |
| 白山下・白山一丁目・西片一丁目・小石川一丁目・春日一丁目 | 廃止 | 水59 | |
| 札ノ辻・芝五丁目・鳥居坂下・六本木中学校前・飯倉片町・防衛庁前・赤坂八丁目・南青山一丁目・青山一丁目駅南口 | 廃止 | 田70 | |
| 新宿区役所前・鬼王神社前・神楽坂・津久戸町・飯田橋・飯田橋終点・小石川橋・岩本町駅前・秋葉原駅東口 | 廃止 | 秋76 | |
| 四谷見附・赤坂見附・山王下 | 廃止 | 四80･四92 | |
| 表参道駅前・外苑前・北青山二丁目・赤坂支所前・豊川稲荷前・平河町・隼町・一番町・三番町・専修大学前・順天堂病院入口 | 廃止 | 茶81 | |
| 四谷二丁目・四谷一丁目 | 廃止 | 都03･四97 | |
| 両国・岩本町駅前 | 廃止 | 草28 | |
| 一里塚・滝野川警察署・西ヶ原二丁目・西ヶ原一丁目・霜降橋・駒込駅北口 | 廃止 | 茶51 | |
| 銀座八丁目・銀座三丁目・銀座一丁目・有楽橋・京橋・京橋一丁目 | 廃止 | 橋86 | |
| 数寄屋橋・有楽橋・鍛冶橋 | 廃止 | 渋88 | |
| 飯倉片町 | 廃止 | 反96 | |
| 豊洲一丁目公園前 | 新設 | AL02 | |
| 大門→大門駅前 | 変更 | 都06･浜95 | |
| 一ノ橋→麻布十番駅前 | 変更 | 都06･橋86･反96 | |
| 赤羽橋→赤羽橋駅前 | 変更 | 都06･橋86･反96･東98 | |
| 虎ノ門五丁目→東京タワー入口 | 変更 | 橋86･渋88･浜95 | |
| 港区役所高輪支所前→白金高輪駅前 | 変更 | 反96･東98 | |
| 白金一丁目→白金高輪駅前 | 変更 | 田87 | |
| 六本木→六本木駅前 | 変更 | 都01･渋88 | |
| 勝どき二丁目→勝どき駅前 | 変更 | 都03･都04･都05･業10･東15･門33 | |
| 本郷三丁目→本郷三丁目駅前 | 変更 | 都02･東43･茶51･上69 | |
| 大久保一丁目→東新宿駅前 | 変更 | 宿74･早77･池86 | |
| 横網一丁目→都営両国駅前 | 変更 | 錦27･両28･門33･墨38 | |
| 清澄三丁目→清澄白河駅前 | 変更 | 秋26･門33 | |
| 晴海アパート前→晴海トリトンスクエア | 変更 | 都05･錦13甲･東15 | |
| 文京区役所前→春日駅前 | 変更 | 都02･都02乙･上60･上69 | |
| 佐川流通センター前→勝島一丁目 | 変更 | 品93 | |
| 植物防疫所大井出張所前→八潮二丁目 | 変更 | 品98･井98 | |
| 日吉坂上→白金台駅前 | 変更 | 品93･東98 | |
| 厩橋→蔵前駅前 | 変更 | 都02･東42甲･東42乙 | |
| 元浅草一丁目→新御徒町駅前 | 変更 | 都02 | |
| 早稲田→早稲田・リーガロイヤルホテル前 | 変更 | 上58･上69･早77･池86 | |
| 牛込柳町→牛込柳町駅前 | 変更 | 白61･橋63 | |
| 国立競技場前→四谷第六小学校入口 | 変更 | 早81 | |
| 森下→森下駅前 | 変更 | 錦11･門33 | |
| 北部小包集中局前→清川清掃車庫前 | 変更 | 東42乙 | |
| 六本木二丁目→六本木一丁目駅前 | 変更 | 都01 | |
| 神田富山町 | 新設 | 秋26 | |
| 銀座・南阿佐ヶ谷駅・荻窪駅北口・八丁・桃井四丁目・青梅街道営業所・関町二丁目・北裏・みどり町住宅・武蔵野保険事務所前・三鷹駅北口 | 廃止 | 深夜中距離 | |
| 平井四丁目 | 新設 | 平23甲・錦28乙 | H12.12.23 |
