営業所の変化
| 日付 | 概要 |
| H16. 3.31 | 深川営業所豊住操車所を廃止 |
| H16. 4. 1 | 葛西営業所を江戸川営業所に改称、東小松川分駐所を江戸川に移管 |
| H16. 4. 1 | 臨海営業所を江戸川営業所臨海支所に格下げ、はとバスに運行を委託開始 |
系統の変化
| 系統 | 日付 | 営業所 | 概要 | |
| H16. 1. 5 | 草43 | 千住 | 延長 | 足立区役所～千住車庫を延長 |
| H16. 3.29 | FL01 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 |
| 都07 | 江東・葛西→江東 | 移管 | 江東・葛西→江東単独所管に変更 | |
| 都07出入 | 葛西 | 廃止 | 錦糸町駅→葛西車庫、門前仲町→葛西車庫を廃止 | |
| 西葛20 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 | |
| 葛西21 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 | |
| 新小21 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 | |
| 門21 | 臨海 | 移管 | 葛西→臨海に移管 | |
| 新小22 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 | |
| 臨海22 | 臨海 | 開通 | 船堀駅～臨海車庫が開通 | |
| 葛西22出入 | 臨海 | 開設 | 臨海車庫～葛西駅～(環七)～一之江駅を開設 | |
| 葛西22出入 | 臨海 | 変更 | 葛西駅～富士公園～コーシャハイム南葛西を葛西22出入に系統変更 | |
| 亀23 | 江東 | 移管 | 葛西→江東に移管 | |
| 葛西24 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 | |
| 草24 | 臨海 | 移管 | 葛西→臨海に移管 | |
| 錦25 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 | |
| 錦25出入 | 江戸川 | 開設 | 葛西駅～江戸川車庫を開設 | |
| 秋26 | 臨海 | 移管 | 葛西→臨海に移管 | |
| 西葛26 | 臨海 | 移管 | 葛西→臨海に移管 | |
| 臨海28 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 | |
| 両28 | 臨海 | 移管 | 葛西→臨海に移管 | |
| 両28出入 | 葛西 | 廃止 | 両国駅～葛西車庫、亀戸駅～葛西車庫を廃止 | |
| 両28出入 | 臨海 | 開設 | 両国駅～臨海車庫、亀戸駅～臨海車庫、両国駅←葛西第六小学校、亀戸駅→葛西第六小学校を開設 | |
| 平28 | 江戸川 | 延長 | 平井駅～平井操車所を延長 | |
| 新小29・30 | 江戸川 | 移管 | 臨海→江戸川に移管 | |
| AL01 | 臨海 | 移管 | 葛西→臨海に移管 | |
| H16. 4. 1 | 豊洲01 | 深川 | 開通 | 豊洲駅→日本ユニシス・キャナルコート循環が開通 |
| AL02 | 深川 | 廃止 | 豊洲駅～日本ユニシス循環を廃止 | |
| 都01 | 渋谷→渋谷･新宿 | 移管 | 渋谷→渋谷・新宿の共管とする | |
| 木11 | 深川 | 短縮 | 東陽七丁目～木場駅を短縮 | |
| 王55 | 北 | 開通 | 王子駅～ハートアイランドが開通 | |
| 宿75 | 新宿 | 変更 | ||
| 田92 | 品川 | 開通 | 品川駅東口・品川車庫～高浜橋～田町駅東口が開通 | |
| 浜95 | 品川 | 変更 | 品川駅東口の乗り場変更に伴う経路変更？ | |
| 田99 | 品川 | 変更 | 終点を港区スポーツセンターから田町駅東口に変更し、芝浦二丁目→田町駅東口を藻塩橋経由から港区スポーツセンター経由に変更。品川駅東口の乗り場変更で、品川駅東口～港南中学校の経路を変更 | |
| 品99 | 港南 | 開設 | 品川駅東口～東京入国管理局を開設 | |
| H16.10. 1 | 都08折返 | 南千住 | 開設 | 日暮里駅→浅草雷門を開設 |
| H16.11. 1 | 都02折返 | 大塚 | 変更 | 大塚駅～春日駅の折返系統を、大塚駅～東京ドームシティに変更 |
| 都02乙折返 | 大塚 | 変更 | 池袋駅東口～春日駅の折返系統を、池袋駅東口～東京ドームシティに変更 | |
停留所の変化
| 概要 | 系統 | 日付 | |
| 宇喜田公園・区立自然植物園前 | 新設 | 臨海22 | H16. 3.29 |
| 巣鴨駅前（巣鴨車庫前）→とげぬき地蔵前（巣鴨車庫前） | 変更 | 草63 | H16. 4. 1 |
| 小台処理場前→みやぎ水処理センター前 | 変更 | 王40丙 | H16. 4. 1 |
| 木下川小学校前→東墨田会館前 | 変更 | 上23 | H16. 4. 1 |
| 営団総合運動場前→東京地下鉄総合運動場前 | 変更 | 急行05・木11・木11乙・錦18 | H16. 4. 1 |
| 田町駅東口→田町駅東口前 | 変更 | 浜95・田99 | H16. 4. 1 |
| 田町駅東口 | 新設 | 田92・田99 | H16. 4. 1 |
| キャナルコート３街区・キャナルコート４街区・キャナルコート２街区 | 新設 | 豊洲01 | H16. 4. 1 |
| ハートアイランド | 新設 | 王55 | H16. 4. 1 |
| 東砂五丁目（南行） | 新設 | 門21・亀24 | H16. 4.30 |
| 東砂六丁目北 | 追加 | 両28 | H16. 4.30 |
| 東砂五丁目（一部）→東砂六丁目北 | 変更 | 門21・亀24 | H16. 4.30 |
| 多摩川保健所前→西多摩保健所前 | 変更 | 梅70 | H16. 6. 1 |
| 港公共職業安定所前→海岸通り（東京労働局前） | 変更 | 田99 | H16. 6. 1 |
| 後楽園駅前→春日駅前 | 変更 | 都02・都02乙 | H16.11. 1 |
| 壱岐坂下→東京ドームシティ | 変更 | 都02・都02乙 | H16.11. 1 |
| 江戸川区口腔保健センター入口 | 新設 | 新小22 | H16.12.20 |
